Η Αναθέτουσα Αρχή αξιολογεί τις παραληφθείσες προτάσεις, λαμβάνει απόφαση ανάθεσης και ενημερώνει τους αιτούντες. Οι φορείς που είναι υπεύθυνοι για την αξιολόγηση του έργου διαφέρουν ανάλογα με τον τρόπο διαχείρισής του. Για τα Προγράμματα άμεσης χρηματοδότησης, η Επιτροπή αξιολογεί άμεσα τις προτάσεις. Για τα προγράμματα έμμεσης χρηματοδότησης, την αξιολόγηση αναλαμβάνουν οι αναθέτουσες εθνικές αρχές (αρμόδια Υπουργεία, Περιφέρειες).
Η αξιολόγηση των αιτήσεων ακολουθεί αυστηρά τα κριτήρια που έχουν ανακοινωθεί στους δυνητικούς αιτούντες στην οικεία Πρόσκληση. Επιπλέον, τα κριτήρια αυτά εφαρμόζονται με συνέπεια σε κάθε αίτηση, προκειμένου να διασφαλίζεται η ίση μεταχείριση όλων των ενδιαφερομένων. Τα μέλη της επιτροπής αξιολόγησης ακολουθούν μια εκ των προτέρων καθορισμένη μεθοδολογία αξιολόγησης.
Οι αιτούντες, είτε γίνονται δεκτοί είτε απορρίπτονται, ενημερώνονται για το αποτέλεσμα με επιστολή ή ηλεκτρονική κοινοποίηση.
Ο επιλεγείς αιτών υπογράφει νομική δέσμευση με την αναθέτουσα αρχή με τη μορφή συμφωνίας επιχορήγησης. Αυτή η νομική δέσμευση θεσπίζει τη νομική βάση για την υλοποίηση της δράσης/του έργου και αποτελεί το έγγραφο αναφοράς σε περίπτωση διαφορών.